Ich verwende den Atom Editor auch für das Verfassen von Dokumenten mit Markdown.
Die Markdown-Synstacx sieht zwei Leerzeichen am Zeilenende als einen Zeilenumbruch an und setzt den weiteren Text automatisch in die nächste Zeile.
In meinem Notepad++ Editor funktioniert das auch wunderbar, sobald ich die gleichen Dateien aber mit Atom bearbeitet und gespeichert habe, war der Zeilenumbruch weg.
Der Editor hat die zwei Leerzeichen am Ende einfach entfernt, was mit bei ein paar Dokumenten die Formatierung durcheinander gewirbelt hat.
Nach einigem Suchen bin ich auf die Lösung des Problems gestoßen.
Es gibt in den Core Packages das Paket „whitespace„, dass dafür das Verhalten verantwortlich ist.
In den „Einstellungen“ von whitespace ist der Hacken vor dem Eintrag „Remove Trailing Whitespace“ zu entfernen und schon bleiben die Leerzeichen am Zeilenende erhalten.